Les Organes de la Fondation sont :

• Un Conseil d’Administration composé de douze (12) membres, dont un représentant de l’Etat, quatre (4) représentants de la société civile et trois (3) représentants des donateurs.
• Un bureau issu du conceil d’administration comprenant le président, un secrétaire général et un trésorier.

En plus de ses organes statuaires, la Fondation dispose d’une équipe pluridisciplinaire composée de personnel permanent et de consultants.